Перелік будівель

Основан в 1420-х годах как мужской монастырь. Все постройки первоначально были деревянными. В 1559-1565 годах построен каменный Богоявленский собор.
В 1609 году разграблен польско-литовскими отрядами, но вскоре был восстановлен и приступил к обширному каменному строительству, продолжавшемуся до конца столетия. Собор обстроен двухъярусными папертями-галереями, построены церковь Трёх Святителей, надвратная звонница с церковью Сергия Радонежского, трапезная палата. В 1629 и 1646 годах произошли крупные пожары, но строительство не остановилось. В 1642-1648 годах вокруг монастыря возведены каменные стены с башнями. Затем построены настоятельский и братские корпуса, больничная и казённая палаты, гостиница, хозяйственные постройки. В 1760 году на средства Е.М. Салтыковой построена церковь Николая Чудотворца.
В 1763 году монастырь упразднён. При учреждении в Костроме наместничества в 1778 году все здания, кроме собора, использованы под присутственные места, которые оставались здесь до 1809 года. В 1814 году тут разместилась духовная семинария, при которой в 1824-1825 годах сооружена Смоленская церковь при Больничных палатах. После городского пожара 1847 года многие здания были разобраны.
В 1860-х монастырь возобновил свою деятельность уже как женский. В 1864-1869 годах значительно перестроен собор. Проездная башня перестроена в колокольню, братский корпус келий — в трапезную. Заново построены больничный, восточный и рабочий корпуса.
В 1918 году монастырь был закрыт. В культовых зданиях разместился областной архив, жилые перестроены под квартиры. В 1930-е снесена церковь Николы и ограда с башнями. В 1972-1991 годах проведена реставрация части зданий.
В 1991 году монастырь предан РПЦ. В 1995 году частично воссоздана ограда с западной стороны (архитектор Л.С. Васильев).