То ощущение, что сначала это был интернат отдельным зданием, а потом его соединили со школой

А ведь это V-18 (в 5-этажной версии). Похоже, на фасаде остались следы бывших балконов, видимо, здание было реконструировано (возможно, даже с надстройкой 5-го этажа).

Возможно балконы и убрали, но что-то метки от балконов доинные, аж кажется, на два длинных окна и маленькое между

В оригинале они вроде бы такими и были: https://vk.com/photo-113177286_403531986

Да, балконы были. На исторических фото видно: https://pastvu.com/p/700118
Здание № 6 такое же: https://pastvu.com/p/688160